Recluido en casa de un hijo en Carrasco

El dictador Juan María Bordaberry (1971-1976) fue procesado por el juez penal Roberto Timbal en noviembre de 2006 junto al ex canciller Juan Carlos Blanco, actualmente preso en Cárcel Central, por "coautoría de cuatro delitos de homicidio especialmente agravado", a raíz de los asesinatos de Zelmar Michelini, Héctor Gutiérrez Ruiz, Rosario Barredo y William Withelaw. Fue recluido en Cárcel Central.

En diciembre de ese año fue inculpado por la jueza Graciela Gatti por diez delitos de homicidios, también especialmente agravados, integrando la lista de víctimas Fernando Miranda y Ubagesner Chaves Sosa (ambos cuerpos fueron encontrados por un equipo de antropólogos).

El 23 de enero de 2007 fue internado debido a una insuficiencia pulmonar, consiguiendo sus abogados, los doctores Gastón Chávez y Diego Viana, la reclusión domiciliaria por motivos de salud, beneficio que no está previsto para los casos de delitos de lesa humanidad. Este fue otorgado por el juez Pablo Eguren el 27 de enero, tras pedido de la fiscal Dora Domenech en base a informes del Instituto Técnico Forense, de la dirección de Cárcel Central y de la Dirección Nacional de Cárceles. Pasó a alojarse en el domicilio de uno de sus hijos, en Carrasco. En agosto del año 2007 fue solicitada una pericia médica por la fiscal Mirtha Guianze, y al mes siguiente la Junta del Instituto Técnico Forense (ITF), integrada por Guido Berro, Domingo Mederos y Hugo Rodríguez, informó que el ex dictador no podía dejar su domicilio por los mismos motivos que antes se habían esgrimido para que abandonase Cárcel Central. Fuentes allegadas ratificaron el delicado estado de salud que atraviesa el dictador y la presunción de que su traslado e instalación en otro ambiente agravaría la situación.